Störung und Erholung des nasalen Mikrobioms nach Mupirocin-Behandlung bei Trägern und Nichtträgern von Staphylococcus aureus

Wissenschaftliche Berichte Band 12, Artikelnummer: 19738 (2022) Diesen Artikel zitieren

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Nasale Dekolonisierungsverfahren gegen den opportunistischen Erreger Staphylococcus aureus basieren auf der topischen Anwendung antimikrobieller Medikamente, deren Auswirkungen auf die nasale Mikrobiota kaum bekannt sind. Wir haben diese Auswirkungen bei gesunden S. aureus-Trägern und Nicht-Trägern untersucht. Dies ist eine prospektive interventionelle Kohortenstudie mit 8 S. aureus-Trägern und 8 Nicht-Trägern, die mit nasalen Mupirocin- und Chlorhexidinbädern behandelt wurden. Über einen Zeitraum von 6 Monaten wurden fortlaufend Nasenabstriche durchgeführt. S. aureus wurde durch quantitative Kultur nachgewiesen und mittels Spa-Typisierung genotypisiert. Zur Bewertung der lebenden mikrobiellen Vielfalt wurde RNA-basiertes 16S-Metabarcoding auf Artenebene verwendet. Die Arten Dolosigranulum pigrum, Moraxella nonliquefaciens und Corynebacterium propinquum korrelierten negativ mit dem S. aureus-Transport. Die Behandlung mit Mupirocin eliminierte wirksam S. aureus, D. pigrum und M. nonliquefaciens, jedoch nicht Corynebakterien. Die Wiederbesiedlung von S. aureus erfolgte bei Trägern schneller als die Wiederbesiedlung durch die dominierende Art bei Nichtträgern (im Median jeweils 3 bzw. 6 Monate). Die meisten rekolonisierenden S. aureus-Isolate hatten denselben Spa-Typ wie das ursprüngliche Isolat. Der Einfluss der Mupirocin-Chlorhexidin-Behandlung auf die nasale Mikrobiota war auch nach 6 Monaten noch erkennbar. Die Rekolonisierung von S. aureus erfolgte vor der Erholung der Mikrobiota, was die starke Anpassung dieses Erregers an die Nasennische und die vorübergehende Wirksamkeit des Dekolonisierungsverfahrens unterstreicht.

Staphylococcus aureus ist ein opportunistischer Erreger und eine häufige Ursache schwerer Infektionen. Ungefähr 20 % der Gesamtbevölkerung sind persistierende S. aureus-Träger und weitere 30 % sind intermittierende Träger1. S. aureus wird häufig in der Nase und seltener im Rachen, auf der Haut und im Perineum übertragen1.

Träger von Staphylococcus aureus haben nach invasiven Eingriffen und Operationen ein höheres Infektionsrisiko2,3. Um Infektionen vorzubeugen, empfehlen mehrere Länder, S. aureus vor dem gefährdeten Eingriff durch ein Dekolonisierungsverfahren aus der Nase zu entfernen4. Dies umfasst typischerweise eine topische antimikrobielle Behandlung mit Mupirocin-Nasensalbe mit oder ohne Chlorhexidin, eine kutane Körper- und Haarwäsche. Aufgrund der Kosten und organisatorischen Probleme im Gesundheitswesen haben sich unterschiedliche Dekolonisierungsansätze herausgebildet5. Während einige raten, alle Patienten zu behandeln, die sich einer Risikointervention unterziehen, beschränken andere die Dekolonisierung nur auf bestätigte Träger.

Obwohl wir wissen, dass die Zusammensetzung des Nasenmikrobioms mit dem Vorhandensein von S. aureus zusammenhängt6,7, ist der Einfluss von Dekolonisierungsverfahren auf die Nasenmikrobiota noch nicht vollständig geklärt. In früheren Studien zum nasalen Mikrobiom war der Transport von S. aureus mit einer höheren relativen Häufigkeit von Cutibacterium Aknes, Corynebacterium Accolens und Nicht-Aureus-Staphylokokken sowie mit einer geringeren Häufigkeit von Corynebacterium pseudodiphtheriticum und Dolosigranulum spp. verbunden. und Cutibacterium granulosum6,7. Diese Zusammenhänge legen nahe, dass die Verteilung mikrobieller Arten in der Nase die Persistenz von S. aureus beeinflusst, möglicherweise durch Konkurrenz um Nährstoffe und epitheliale Bindungsstellen8. Die Veränderung der mikrobiellen Verteilung nach einem Dekolonisierungsverfahren wiederum könnte sich auf die Wahrscheinlichkeit einer anhaltenden Rekolonisierung von S. aureus und, aus klinischer Sicht, auf ein Scheitern der Dekolonisierung auswirken. Das Ausmaß und die Dauer der Mikrobiota-Veränderungen nach der Dekolonisierung sind jedoch nicht geklärt. Bisher wurden in einer Einzelpatienten-Mikrobiomstudie nach der Mupirocin-Behandlung Veränderungen in der Zusammensetzung und Biodiversität der nasalen Mikrobiota festgestellt9, im Gegensatz zu einer früheren Culturomik-Studie mit fünf gesunden Freiwilligen, bei der bis zu einem Monat keine signifikante Veränderung der Mikrobiota-Reichtum und -Vielfalt festgestellt wurde nach der Dekolonisierung10.

Um die Beziehungen zwischen dem nasalen Transport von S. aureus, der nasalen Mikrobiota und den Dekolonisierungsverfahren zu entschlüsseln, führten wir eine prospektive interventionelle Kohortenstudie mit S. aureus-Trägern und Nicht-Trägern durch und überwachten die Veränderungen der mikrobiellen Gemeinschaft über einen Zeitraum von 6 Monaten nach der Mupirocin-Chlorhexidin-Behandlung. Mithilfe quantitativer Kulturen und 16S-Metabarcodierung untersuchten wir die Auswirkungen der Dekolonisierung auf Bakteriengemeinschaften und die Verzögerung der Wiederbesiedlung mit S. aureus und anderen dominanten Arten.

Von den 35 Freiwilligen wurden 8 Träger und 8 Nicht-Träger eingeschlossen (siehe Flussdiagramm der Patientenauswahl in Abb. 1). Die S. aureus-Trägergruppe bestand aus 3 Männern und 5 Frauen im Alter von 22–71 Jahren (Median: 26 Jahre). Bei den Nichtträgern handelte es sich um zwei Männer und sechs Frauen im Alter von 18 bis 62 Jahren (Median: 56 Jahre). Kein Teilnehmer berichtete über die Einnahme antiviraler Medikamente, Antiparasitika, Immunsuppressiva oder Probiotika in den drei Monaten vor oder während der Studie. Ein Nichtträger berichtete über die Verwendung von Amoxicillin/Clavulansäure 5 Tage vor der D0-Probenahme und erneut zwischen der M3- und M6-Probenahme. Dieser Teilnehmer wurde behalten, da der Einsatz antimikrobieller Mittel nach der Rekrutierung erfolgte und sich die Mikrobiota-Zusammensetzung nicht von der anderer Nicht-Träger vor der Entkolonialisierung unterschied. Kein Teilnehmer berichtete von einem früheren MRSA-Träger. Alle 16 Teilnehmer hatten mindestens einen Risikofaktor für den Erwerb von S. aureus (Ergänzungstabelle 1).

Flussdiagramm der Teilnehmerrekrutierung. Insgesamt wurden 35 Freiwillige rekrutiert und auf ihre Eignung überprüft. Sechzehn Teilnehmer haben die Studie abgeschlossen, davon acht Träger und acht Nicht-Träger.

Die Dynamik der Eliminierung und Wiederbesiedlung von S. aureus nach der Dekolonisierungsbehandlung wurde mithilfe quantitativer Kultur (Abb. 2A) und RNA-Metabarcodierung (Abb. 2B) untersucht. Beide Methoden zeigten einen steilen Rückgang der S. aureus-Belastungen unmittelbar nach der Dekolonisierung, gefolgt von einem allmählichen Anstieg, der auf eine Wiederbesiedlung einiger Träger hinweist. Die fehlgeschlagene Dekolonisierung bei einem Träger wurde in der ersten Probe nach der Dekolonisierung mit beiden Methoden bestätigt (Abb. 2). Die Rekolonisierung wurde als eine S. aureus-positive Kultur (> 8 KBE/ml) nach der Dekolonisierung definiert. Fünf Träger (C1, C2, C5, C6 und C7) wurden während der Nachbeobachtungszeit erneut besiedelt, darunter drei Träger innerhalb eines Monats nach der Dekolonisierung. In der Nichtträgergruppe wurden nach der Dekolonisierung 4 S. aureus-positive Kulturen gefunden, davon 3 mit nur 1 KBE/ml.

Dynamik der S. aureus-Häufigkeit in Nasenproben von Trägern und Nichtträgern, die sich einer Dekolonisierung unterziehen. Dargestellt sind die S. aureus-Häufigkeit in quantitativer Kultur (KBE/ml auf einer logarithmischen Skala; A) und der Anteil im 16S-RNA-Metabarcoding (B) im Zeitverlauf bei 8 Trägern (rot) und 8 Nichtträgern (blau). D0 und D7 bezeichnen Proben, die unmittelbar vor bzw. nach dem Dekolonisierungsverfahren entnommen wurden. Gestrichelte Linien kennzeichnen die Daten jedes Teilnehmers. Durchgezogene Linien und farbiges Band kennzeichnen den Mittelwert und das 95 %-Konfidenzintervall. Sowohl die Kultur- als auch die Metabarcoding-Analyse ergaben einen starken Rückgang der Häufigkeit von S. aureus nach der Dekolonisierung, gefolgt von einer erneuten Kolonisierung. Im Durchschnitt war die Häufigkeit von S. aureus nach der Dekolonisierung geringer als vor der Dekolonisierung.

Die RNA-Metabarkodierung zeigte unterschiedliche Rekolonialisierungsergebnisse. Während laut RNA-Metabarcoding auch 5 Träger (C1, C2, C3, C5 und C8) rekolonisiert wurden, wurden bei 4 Trägern (C3, C6, C7 und C8) Diskrepanzen festgestellt. Für 2 Träger (C5 und C8) zeigte die RNA-Metabarcodierung eine Rekolonisierung ohne positive Kultur. Weitere 2 Träger (C6 und C7) zeigten trotz positiver Kultur keine Rekolonisierung im RNA-Metabarcoding.

Spa-Typen wurden bei Trägern bestimmt, die eine S. aureus-Rekolonisierung in Kultur zeigten (n = 5). Alle bis auf einen rekolonisierten S. aureus-Träger zeigten in den Proben vor und nach der Dekolonisierung den gleichen Spa-Typ. Bei zwei Trägern wurde ein unterschiedlicher Spa-Typ gefunden, was auf eine vorübergehende Besiedlung durch einen anderen Stamm als den Trägerstamm vor der Entkolonialisierung hindeutet. Die Ergebnisse der Spa-Typisierung sind in Tabelle 1 aufgeführt. Einzelheiten zur Rekolonisierungsverzögerung und zur KBE/ml-Belastung finden Sie in der ergänzenden Abbildung 1. Bei den getesteten Isolaten wurde keine phänotypische Resistenz gegen Methicillin festgestellt.

Insgesamt blieb die Entkolonialisierung von S. aureus über einen Zeitraum von 6 Monaten nur bei 3 Teilnehmern (38 %) erfolgreich (Abb. 2 und ergänzende Abb. 1), was mit früheren Erkenntnissen übereinstimmt11. Interessanterweise entdeckte der Metabarcoding-Ansatz kleine Anteile (~ 1–5 %) der S. aureus-Reads 2 Tage und 1 Monat nach der Dekolonisierung bei mehreren Nichtträgern (Abb. 2B). Dies könnte auf eine vorübergehende Invasion der Nasennische durch S. aureus-Isolate zurückzuführen sein, die möglicherweise durch die durch die Dekolonisierung induzierte Störung des Nasenmikrobioms erleichtert wird, wie in der Darmmikrobiota nach Antibiotika-induzierten Störungen beschrieben12. Diese intermittierende Übertragung ist in der Normalbevölkerung zu erwarten.

Vor der Dekolonisierung wurden neun dominante Bakterienarten in der Nasenmikrobiota identifiziert, darunter S. aureus, S. epidermidis, D. pigrum, Moraxella nonliquefaciens, C. Aknes und 4 Corynebactaria-Arten (Abb. 3A, C; Einzelheiten zu jedem Teilnehmer finden Sie im Supplementary). Abb. 2). D. pigrum, ein häufiges Taxon, das in den vorderen Nasenlöchern vorkommt, kam besonders häufig vor und war bei Nichtträgern weit verbreitet. C. propinquum war in beiden Gruppen vorhanden und kam bei Nichtträgern im Durchschnitt 15 % häufiger vor. Mupirocin-empfindliche Arten, darunter S. aureus und S. epidermidis, D. pigrum und M. nonliquefaciens, wurden nach der Dekolonisierung praktisch aus der Mikrobiota entfernt, während Mupirocin-resistente Corynebakterien und C. Aknes im Wesentlichen reichlich vorhanden blieben13,14. Nach der Dekolonisierung stieg der durchschnittliche Anteil von C. pseudodiphteriticum bei Nichtträgern, aber nicht Trägern, nach 7 Tagen um das Zehnfache und der Anteil von S. epidermidis nach 1 Monat um das Zehnfache. Zu anderen Zeitpunkten waren die durchschnittlichen Anteile von C. pseudodiphteriticum und S. epidermidis bei Trägern und Nichtträgern vergleichbar. Von den 2 Trägern und 4 Nicht-Trägern, die mit mehr als 10 % von D. pigrum kolonisiert waren (ergänzende Abbildung 2), wurde 1 nach 1 Monat, 2 nach 3 Monaten und alle nach 6 Monaten erneut mit D. pigrum besiedelt. M. nonliquefaciens, das bei zwei Nichtträgern beobachtet wurde, besiedelte nach 6 Monaten nur einen Teilnehmer erneut. Die mittlere Zeit bis zur Wiederbesiedlung mit D.pigrum und M.nonliquefaciens, den beiden wichtigsten in Nichtträgern vorkommenden Taxa, betrug 6 Monate. Im Gegensatz dazu betrug die mittlere Zeit bis zur Wiederbesiedlung von S. aureus bei Trägern 3 Monate. Mikrobiota-Profile einzelner Teilnehmer sind in der ergänzenden Abbildung 2 dargestellt.

Entwicklung der Gemeinschaftsstruktur der nasalen Mikrobiota vor und nach der Mupirocin-Dekolonialisierung bei S. aureus-Trägern und Nicht-Trägern. Gezeigt werden Diversitätsbalkendiagramme der durchschnittlichen Artenanteile (A,C) und der Unähnlichkeit dieser Anteile (B,D) bei jedem Patienten (gestrichelte Linien) und im Durchschnitt (durchgezogene Linien; der schattierte Bereich ist das 95 %-Konfidenzband des Mittelwerts). ). Ein hoher Wert für die Bray-Curtis-Unähnlichkeit weist auf einen großen Unterschied in der Gemeinschaftsstruktur im Vergleich zum Ausgangszustand der Mikrobiota vor der Dekolonisierung hin. Nasenproben wurden unmittelbar vor der Dekolonisierung (D0) und nach 7 Tagen (D7) und 1 (M1), 3 (M3) und 6 (M6) Monaten bei 8 S. aureus-Trägern (A, B) und Nicht-Trägern (C, D). Die vollständigen Namen der Bakterien lauten in der Reihenfolge: Staphylococcus aureus, Dolosigranulum pigrum, Moraxella nonliquefaciens, Corynebacterium propinquum, Corynebacterium accolens, Corynebacterium pseudodiphtheriticum, Corynebacterium macginleyi, Staphylococcus epidermidis, Cutibacterium Aknes.

Um eine synthetischere Bewertung der durch Dekolonisierung verursachten Veränderungen der mikrobiellen Gemeinschaftsstruktur zu ermöglichen, haben wir die Bray-Curtis-Unähnlichkeit der Artenzusammensetzung zu jedem Zeitpunkt im Verhältnis zum anfänglichen D0-Zeitpunkt bei demselben Patienten berechnet (Abb. 3B, D). ). Die durchschnittliche Bray-Curtis-Unähnlichkeit war unmittelbar nach der Dekolonisierung sowohl bei Trägern als auch bei Nicht-Trägern am höchsten, was den am stärksten gestörten Zustand der Mikrobiota anzeigt. Bemerkenswerterweise nahm die Unähnlichkeit bei den Trägern stark ab, blieb bei den Nicht-Trägern jedoch weitgehend stabil, was darauf hindeutet, dass die Mikrobiota der Träger (teilweise) schneller in ihren Ausgangszustand zurückkehrten als bei Nicht-Trägern, was mit einer schnelleren Rekolonisierung durch S. aureus im Vergleich zu den dominanten Arten, die in vorkommen, im Einklang steht Nichtträger. Nach 6 Monaten blieben die durchschnittlichen Unterschiede zum Ausgangszustand sowohl bei Trägern als auch bei Nicht-Trägern erheblich (~ 0,5–0,7) (Abb. 3B, D). Wichtig ist, dass die Entwicklung der Bevölkerungsstruktur zwischen den Teilnehmern stark variierte (siehe gestrichelte Linien in Abb. 3B, D), wobei die Erholungsmuster der Mikrobiota von einer schnellen Erholung (Unähnlichkeit < 0,2 nach 1 Monat) bis zu praktisch keiner Erholung (Unähnlichkeit > 0,9 nach 6 Monaten) reichten ) sowohl bei Trägern als auch bei Nichtträgern.

In dieser Längsschnittstudie von S. aureus-Trägern und Nichtträgern, die sich einer nasalen Mupirocin-Dekolonialisierung unterziehen, stellen wir fest, dass die Wiederbesiedlung von S. aureus bei Trägern schneller erfolgte als die Wiederbesiedlung durch die dominanten Arten bei Nichtträgern. Diese Ergebnisse unterstreichen die vorübergehende Wirksamkeit des S. aureus-Entkolonialisierungsverfahrens und die starke Anpassung von S. aureus an die Nasennische.

Neben einem Fall einer fehlgeschlagenen Dekolonisierung beobachteten wir während der 6-monatigen Nachbeobachtungszeit eine häufige Neubesiedlung mit S. aureus. Die Zeit bis zur Wiederbesiedlung lag zwischen 1 und 3 Monaten, im Einklang mit früheren Beobachtungen, bei denen die Verzögerung bis zur Wiederbesiedlung zwischen 2 Wochen und 6 Monaten nach der Mupirocin-Behandlung lag15. In einer anderen Längsschnittstudie, in der über einen Zeitraum von > 2 Jahren alle zwei Monate Proben von 571 Teilnehmern gesammelt wurden, erhöhten Anti-Staphylokokken-Antibiotika die Rate der S. aureus-Akquisition innerhalb von 4 Monaten nach der Behandlung16, was darauf hindeutet, dass eine Störung der Mikrobiota durch Antibiotika die Invasion von S. aureus erleichtert. In unserer Studie kam es schließlich in 4 von 5 Fällen zu einer Wiederbesiedlung mit demselben Spa-Typ, der ursprünglich vom Träger isoliert worden war. Es wurde jedoch auch eine vorübergehende Besiedlung mit einem anderen Spa-Typ nachgewiesen. Dies steht im Einklang mit anderen Studien, die eine Längsübertragung des gleichen Stammes zeigen, mit intermittierendem Transport auch anderer Stämme16,17,18. Während Längsschnittstudien darauf hindeuten, dass Verlust und Erwerb von S. aureus natürliche Ereignisse sind16,18, könnte ein weiterer Grund für die Wiederbesiedlung das Fehlen einer erfolgreichen Entkolonialisierung sein. Der Widerstand gegen die Dekolonisierungsbehandlung könnte die Wiederbesiedlung erleichtern. Da jedoch die nationale Überwachung der Resistenz bei S. aureus in den Niederlanden ein geringes Maß an Mupirocin-Resistenz (1 %) gezeigt hat19, erscheint es unwahrscheinlich, dass dies die Wiederbesiedlung unserer Studienteilnehmer vorantreiben würde. Eine wahrscheinlichere Erklärung ist die Wiederbesiedlung von einer unbehandelten extranasalen Körperstelle, wie dem Rachen, oder durch Haushaltsmitglieder.

Neben dem Verlust von S. aureus führte die Dekolonisierung zur sofortigen Entfernung von S. epidermidis, D. pigrum und M. nonliquefaciens aus der Nase. Bei Nichtträgern wurde ein Trend zu einer höheren Häufigkeit von C. propinquum beobachtet, während bei effektiv dekolonisierten Trägern ein Anstieg von C. accolens und S. epidermidis beobachtet wurde. Tatsächlich wurde die Behandlung mit Mupirocin zuvor mit einer Zunahme der relativen Häufigkeit von (nicht klassifizierten) Corynebakterien und C. Aknes sowie einer Abnahme der Häufigkeit von S. epidermidis in Verbindung gebracht20. Zusammengenommen deuten diese Ergebnisse auf eine Neuordnung der nasalen Mikrobiota nach der Dekolonisierungsbehandlung und die Entfernung von Mupirocin-empfindlichen Arten, einschließlich S. aureus, hin, wodurch neue Taxa in die Nasennische eindringen können.

Unsere Studie weist Einschränkungen auf, die über die geringe Stichprobengröße hinausgehen. Um die Teilnahme an der Studie zu verbessern, haben wir eine Selbstprobenstrategie eingeführt, die es den Teilnehmern ermöglicht, Proben per Post einzusenden. Diese Methode wurde bereits früher für den Nachweis von S. aureus als geeignet befunden21,22. Dennoch führte der verzögerte Transport dazu, dass 20 % der Proben > 48 Stunden nach der Probenahme verarbeitet wurden. Da nur 3 von 27 verspäteten Proben in Trägern kulturnegativ waren, kann das Risiko falsch negativer S. aureus-Kulturen aufgrund des Transports als gering angesehen werden. Die Auswirkungen der Verzögerung auf Metabarcoding-Ansätze sind jedoch unbekannt. Dennoch hatte der verzögerte Transport keinen Einfluss auf die Gesamtergebnisse der Rekolonialisierung in dieser Studie.

Es wurden Diskrepanzen zwischen quantitativen Kulturergebnissen und RNA-Metabarcoding hinsichtlich des Vorhandenseins von S. aureus in den Proben nach der Entkolonialisierung festgestellt. Wir haben die Rekolonialisierung auf der Grundlage einer S. aureus-positiven Kultur (> 8 KBE/ml) nach der Dekolonisierung definiert, was mit unserer Definition des S. aureus-Transports übereinstimmt. Die unterschiedliche nasale Bakterienlast, die intrinsische Mikrobiota-Zusammensetzung sowie der potenzielle Einfluss des Transports zur Sequenzierungseinrichtung, der zu den mehrstufigen RNA-Metabarcoding-Analysen hinzukommt, gehören zu den vielen Faktoren, die solche Unterschiede bei den Kulturergebnissen erklären. Beide Methoden stimmten über den Wiederbesiedlungsstatus nur bei drei Trägern überein.

Insgesamt unterstreichen unsere Ergebnisse die Empfindlichkeit der nasalen Bakteriengemeinschaft gegenüber der Mupirocin-Behandlung und betonen die Tatsache, dass das Dekolonisierungsziel, nämlich S. aureus, vergleichsweise schneller wieder in die nasale Nische eindringt als die dominierende Art bei Nichtträgern. Dies unterstützt die derzeitige Verwendung von Mupirocin als kurzfristiges Präventionsverfahren vor einem identifizierten gefährdeten Eingriff und nicht als Mittel zur Eliminierung zirkulierender S. aureus-Isolate.

Dies ist eine prospektive interventionelle Kohortenstudie an gesunden S. aureus-Trägern und Nicht-Trägern in den Niederlanden. Alle Experimente wurden in Übereinstimmung mit dem niederländischen Gesetz über medizinische Forschung am Menschen (WMO) durchgeführt. Das Studienprotokoll wurde von der örtlichen medizinischen Ethikkommission des Erasmus University Medical Center Rotterdam, Niederlande, genehmigt (MEC-2018-091). Für alle Teilnehmer wurde eine schriftliche Einverständniserklärung eingeholt. Die Teilnehmer wurden über Anzeigen an niederländischen Universitäten und in den sozialen Netzwerken der Forschungsteams rekrutiert. Ausschlusskriterien waren Alter < 18 Jahre, Einnahme von Antibiotika, Antiparasitika, Antimykotika oder Probiotika 3 Monate vor der Rekrutierung, bekannte Allergie gegen Bestandteile der Interventionsbehandlung, schwangere und stillende Frauen, bekannte chronische Erkrankungen, die das Immunsystem beeinträchtigen, schwere chronische Hauterkrankungen, immungeschwächter Status oder Einnahme von Immunsuppressiva.

Nach dem Ausfüllen eines Eignungsfragebogens wurden alle Freiwilligen wie zuvor beschrieben auf S. aureus-Träger untersucht23. Der S. aureus-Transport wurde durch quantitative Kultur von 2 wöchentlichen Nasenabstrichen bestimmt. Persistente S. aureus-Träger wurden als 2 positive Kulturen mit > 8 KBE/ml für jede Kultur definiert. Als Nichtträger wurden zwei S. aureus-negative Kulturen definiert. Intermittierende S. aureus-Träger wurden von der weiteren Teilnahme an der Studie ausgeschlossen. Berechtigte Freiwillige wurden nach dem Prinzip „Wer zuerst kommt, mahlt zuerst“ eingeschrieben.

Berechtigte Teilnehmer wurden gebeten, einen Fragebogen zu Risikofaktoren für den Erwerb von S. aureus auszufüllen. Alle Teilnehmer erhielten eine Dekolonisierungsbehandlung. Die Dekolonisierung bestand aus Mupirocin-Nasensalbe (2 %, GlaxoSmithKline BV, Zeist, Niederlande) zweimal täglich und einer Chlorhexidingluconat-Hautlösung (4 % w/v, Regent Medical Overseas Limited, Oldham, UK) einmal täglich, jeweils 5 Tage lang.

Nasenproben wurden 1 Tag vor der Dekolonisierung (D0) und 2 Tage (D7), 1 Monat (M1), 3 Monate (M3) und 6 Monate (M6) nach der Dekolonisierung entnommen. Alle Teilnehmer erhielten vom ausführenden Forscher eine persönliche Demonstration der Nasenprobenentnahme. Danach wurden alle Proben von den Teilnehmern entnommen, indem sie einen Tupfer (ESwab, 490CE.A, Copan Italia, Brescia, Italien) in ein Nasenloch einführten und fünfmal rotierten, wobei dieser Vorgang im zweiten Nasenloch mit demselben Tupfer wiederholt wurde. Die Abstrichtupfer wurden in einem Behälter gesammelt, der mit 1 ml modifiziertem Liquid Amies, einer Sammel- und Transportlösung, gefüllt war, und per Post (nicht temperaturkontrolliert) verschickt oder persönlich im Labor abgegeben.

Es wurden quantitative S. aureus-Kulturen durchgeführt, um die Dynamik des S. aureus-Transports über den 6-monatigen Nachbeobachtungszeitraum nach der Dekolonisierung zu untersuchen. Die Tupferbehälter wurden vor dem Ausplattieren 20 Sekunden lang gevortext. Reihenverdünnungen des Amies-Mediums wurden auf Phenol-Mannit-Salz-Agar (PHMA) ausplattiert und 2 Tage lang bei 37 °C inkubiert. Die Abstrichtupfer wurden in Phenol-Mannitol-Salzbrühe (PHMB) gegeben und zur Anreicherung 7 Tage lang bei 37 °C inkubiert. Das Wachstum von S. aureus wurde durch einen Latex-Agglutinationstest (Staph Plus Latex Kit, Diamondial, Wien, Österreich) bestätigt. Morphologisch unterschiedliche S. aureus-Kolonien wurden für die Spa-Typisierung und das Methicillin-Resistenz-Screening unter Verwendung von BBL CHROMagar MRSA II-Agar (BD, Breda, Niederlande) ausgewählt.

Eine molekulare Typisierung von S. aureus-Isolaten wurde durchgeführt, um abzuleiten, ob bei der Wiederbesiedlung mit S. aureus in dekolonisierten Trägern derselbe Spa-Typ beteiligt war. Die Typisierung beschränkte sich auf den letzten positiven S. aureus-Kulturmoment und den letzten positiven S. aureus-Kulturmoment nach der Dekolonisierung in rekolonisierten Trägern. S. aureus-DNA-Lysate wurden durch Kochen in 10 mM Tris-HCl, 1 mM Dinatrium-EDTA, pH 8,0 oder Extraktion mit dem QIAamp DNA Mini Kit (QIAGEN, Venlo, Niederlande) gemäß den Anweisungen des Herstellers hergestellt. Die Amplifikation der Wiederholungsregion des S. aureus-Proteins A (spa) wurde durch PCR mit zwei Primersätzen durchgeführt. Ein Satz bestand aus dem Vorwärtsprimer spa-1113, 5'-TAAAGACGATCCTTCGGTGAGC-3' und dem Rückwärtsprimer spa-1514, 5'-CAGCAGTAGTGCCGTTTGCTT-3'24. Der andere Satz bestand aus den Vorwärtsprimern spa-F1, 5'-AACAACGTAACGGCTTCATCC-3' und spa-F2 5'-AGACGATCCTTCAGTGAGC-3' und dem Rückwärtsprimer spa-R1 5'-GCTTTTGCAATGTCATTTACTG-3'. Amplikons wurden mit ExoSAP-IT (Applied Biosystems) gemäß den Anweisungen des Herstellers gereinigt und zur Sequenzanalyse geschickt (Baseclear, Leiden, Niederlande). Die resultierenden Sequenzen wurden mit BioNumerics v7.6 (Applied Maths NV, Sint-Martens-Latem, Belgien) analysiert und die Spa-Typen wurden mithilfe der RidomStaphType-Datenbank (Ridom GmbH, Würzburg, Deutschland) zugewiesen.

Die Auswirkungen der Dekolonisierung auf das nasale Mikrobiom und die Wiederherstellung der Mikrobiomstruktur nach der Dekolonisierung wurden mittels 16S-rRNA-Metabarcoding untersucht. Amies-Medium aus jedem Nasentupferbehälter wurde am Tag des Eingangs im Studienlabor in Rotterdam, NL, bei –80 °C gelagert und dann bei –80 °C an das Mikrobiom-Analyselabor in Lyon, FR, geschickt. Um die Auswirkungen der Dekolonisierung auf die lebende Mikrobiota richtig zu erfassen, verwendete die Metabarkodierung RNA-basierte 16S-ribosomale RNA (rRNA, die in lebenden Zellen erhalten bleibt, aber nach Zelltod oder Lyse schnell entfernt wird) und nicht die DNA-Kodierungssequenz, da die DNA bestehen bleiben kann längere Zeiträume nach dem Zelltod25,26,27,28. Die RNA wurde unter Verwendung des Gewebeprotokolls Mag Bind® Total RNA 96 Kit (Omega Bio-tek) aus 150 µL Probenmaterial extrahiert. Die Zelllyse wurde unter Verwendung von Perlen (Disruptorplatte C plus – Omega Bio-tek) und Proteinase K für 15 Minuten bei 2600 U/min durchgeführt, gefolgt von 10 Minuten bei Raumtemperatur ohne Rühren und abschließend mit einem DNase I-Verdau von 20 Minuten bei Raumtemperatur . Die RNA wurde mit dem QuantiFluor RNA-Kit auf Tecan Safire (TECAN) quantifiziert. 10 ng Gesamt-RNA wurden für die reverse Transkription unter Verwendung des FIREScript RT-cDNA-Synthesekits (Solis Biodyne) mit Zufallsprimern verwendet, dann wurde die cDNA mit SPRIselect-Reagenz (Beckman Coulter) gereinigt und quantifiziert.

Die rRNA-V1–V3-Region wurde mit dem 5× HOT BIOAmp® BlendMaster Mix 12,5 mM MgCl 2 (Biofidal), 10× GC rich Enhancer (Biofidal) und BSA 20 mg/ml PCR-amplifiziert. Die PCR-Reaktion bestand aus 30 Zyklen bei 56 °C unter Verwendung des Vorwärtsprimers 27F, 5′-TCGTCGGCAGCGTCAGATGTGTATAAGAGACAG AGAGTTTGATCCTGGCTCAG-3′ und des Rückwärtsprimers 534R, 5′-GTCTCGTGGGCTCGGAGATGTGTATAAGAGACAGATTACCGCGGCTGCTGG-3′ in 25 µl Lösung. PCR-Produkte wurden mit SPRIselect-Beads (Beckman Coulter) in 20 µL nukleasefreiem Wasser gereinigt und mit QuantiFluor dsDNA (Promega) quantifiziert. Die Proben wurden während einer 12-Zyklen-PCR mit den Barcodes von lllumina mit denselben PCR-Reagenzien indiziert und dann wie zuvor erwähnt gereinigt und quantifiziert. Die Proben wurden normalisiert und gepoolt und dann mit der Illumina MiSeq V3 Flow Cell gemäß den Empfehlungen des Herstellers für eine 2 × 300 bp Paired-End-Anwendung sequenziert. Es wurden durchschnittlich 130.000 Korrekturlesungen pro Probe erzielt.

Versuchspuffer wurden als Negativkontrollen verwendet, um eine Kontamination durch bakterielle RNA außerhalb der Probe festzustellen. Die RNA-Extraktion wurde mithilfe einer hauseigenen Mischung aus lebendem Staphylococcus aureus ATCC29213 und Escherichia coli ATCC25922 in gleichen Anteilen kontrolliert, was die Beurteilung des Extraktionsfehlers bei grampositiven und -negativen Bakterien ermöglichte. Der PCR-Amplifikations-Bias wurde mithilfe einer kommerziellen DNA-Mischung aus 8 Bakterienarten (ZymoBIOMICS™ Microbial Community DNA Standard) kontrolliert.

Die Sequenzierungsablesungen wurden qualitätsgeprüft und gekürzt. Paired-Ended-Lesepaare wurden mit BBMap Version 38.49 (verfügbar unter https://sourceforge.net/projects/bbmap/) zusammengeführt, mit Standardoptionen neben einer minimalen Einzelgröße von 150 bp mit einem durchschnittlichen Phred-Qualitätsfaktor von mehr als 10 und eine Gesamtpaargröße von mindestens 400 bp. PCR-Adapter wurden mit Cutadapt v.2.1 (Martin 2011) entfernt und dann mit vsearch v.2.12.029 mit der Option sizeout derepliziert. Für die Artenzuordnung wurden die Lesevorgänge mit Blastn v.2.11.0+30,31 an Sequenzen der NCBI-Blast-16S_ribosomal_RNA-Datenbank (Versionsdatum 03.12.2020) abgeglichen, wobei maximal 20 Referenzziele beibehalten wurden. Die Lesezahlen pro Bakterienart wurden normalisiert, um taxonspezifische Variationen der Kopienzahl von 16S-rRNA-Genen unter Verwendung der NCBI rrnDB-5.5-Datenbank basierend auf der mittleren Genkopienzahl im Taxon zu berücksichtigen.

Um die Auflösung der taxonomischen Zuordnung des Sequenzierungslesens zu optimieren, verwendeten wir firmeneigene bioinformatische Software, die unter https://github.com/rasigadelab/taxonresolve öffentlich verfügbar ist. Kurz gesagt: Wenn ein Lesevorgang mit Sequenzen mehrerer Arten mit identischen Alignment-Scores übereinstimmt, geben taxonomische Zuordnungspipelines normalerweise die höhere taxonomische Ebene wie die Gattung aus (z. B. Staphylococcus spp., wenn ein Lesevorgang mit S. aureus und S. epidermidis übereinstimmt). Dieser Informationsverlust kann problematisch sein, wenn die Unterscheidung auf Artenebene wichtig ist. Um den Verlust von Informationen auf Artenebene zu verhindern, ordnet die Taxonresolve-Software Lesevorgänge mit unsicheren Arten Artengruppen statt Gattungen zu.

Bakterienarten, die vermutlich aus kontaminierenden Quellen wie Kit-Reagenzien stammen und in Negativkontrollen gefunden wurden, hauptsächlich aus der Gattung Bacillus, wurden entfernt. Insgesamt wurden 1376 Arten oder Artengruppen erhalten. Die Verdünnungskurven, die dem Sequenzierungsaufwand zur Beurteilung des Artenreichtums in den Proben entsprechen, sind in der ergänzenden Abbildung 3 dargestellt. Die meisten Proben erreichten nach 40.000 Sequenzen ein Plateau.

Angesichts der geringen Stichprobengröße im Vergleich zur Anzahl der in dieser Studie berücksichtigten Variablen und Arten wurde kein Hypothesentest durchgeführt und wir liefern eine deskriptive Bewertung der Ergebnisse. In den Zahlen wurden 95 %-Konfidenzintervalle der Mittelwerte auf der Grundlage einer normalen Näherung berechnet, nach logarithmischer Transformation für KBE/ml und logarithmischer Odds-Transformation für Mengen, die auf das Intervall [0, 1] beschränkt sind, wie z. B. Proportionen.

In mikrobiellen Diversitätsanalysen haben wir die neun häufigsten Bakterienarten beibehalten und die anderen Arten in der Kategorie „Andere“ zusammengefasst. Um die Störung und mögliche Wiederherstellung der Mikrobiota zu beurteilen, wurde die Divergenz der entnommenen Mikrobiota im Vergleich zur anfänglichen Mikrobiota vor der Behandlung (D0) anhand der Bray-Curtis-Unähnlichkeit zu jedem Probenahmezeitpunkt im Vergleich zur ersten Probe desselben Patienten bewertet .

Der Softwarecode der Analysen ist unter https://github.com/rasigadelab/macotra-metabarcoding verfügbar. Daten sind unter https://zenodo.org/record/6382657 verfügbar. Analysen und Zahlen verwendeten R-Software v3.6.032 mit den Paketen dplyr33, ggplot234, vegan35 und MicrobiomAnalyst, verfügbar unter https://www.microbiomeanalyst.ca36,37.

Für diese Studie generierte Datensätze sind in Zenodo unter https://doi.org/10.5281/zenodo.6382657 offen verfügbar.

Wertheim, HF et al. Die Rolle des nasalen Transports bei Infektionen mit Staphylococcus aureus. Lanzetteninfektion. Dis. 5, 751–762 (2005).

Artikel PubMed Google Scholar

Sakr, A., Brégeon, F., Mège, J.-L., Rolain, J.-M. & Blin, O. Staphylococcus aureus-Nasenbesiedlung: Ein Update zu Mechanismen, Epidemiologie, Risikofaktoren und Folgeinfektionen. Vorderseite. Mikrobiol. 9, 2419 (2018).

Artikel PubMed PubMed Central Google Scholar

Bode, LGM et al. Vorbeugung von Infektionen an der Operationsstelle bei nasalen Trägern von Staphylococcus aureus. N. engl. J. Med. 362, 9–17 (2010).

Artikel CAS PubMed Google Scholar

Weltgesundheitsorganisation. Evidenzbasierte Empfehlungen zu Maßnahmen zur Prävention von postoperativen Wundinfektionen. In Global Guidelines for the Prevention of Surgical Site Infection (2018).

Kalenic, S. et al. Vergleich der Empfehlungen in nationalen/regionalen Leitlinien zur Prävention und Kontrolle von MRSA in dreizehn europäischen Ländern. Int. J. Infizieren. Kontrolle. https://doi.org/10.3396/ijic.V6i2.016.10 (2010).

Artikel Google Scholar

Yan, M. et al. Nasenmikroumgebungen und interspezifische Interaktionen beeinflussen die Komplexität der Nasenmikrobiota und den Transport von S. aureus. Cell Host Microbe 14, 631–640 (2013).

Artikel CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

Liu, CM et al. Staphylococcus aureus und die Ökologie des nasalen Mikrobioms. Wissenschaft. Adv. 1, e1400216–e1400216 (2015).

Artikel ADS PubMed PubMed Central Google Scholar

Krismer, B., Weidenmaier, C., Zipperer, A. & Peschel, A. Der kommensale Lebensstil von Staphylococcus aureus und seine Wechselwirkungen mit der nasalen Mikrobiota. Nat. Rev. Microbiol. 15, 675–687 (2017).

Artikel CAS PubMed Google Scholar

Ramakrishnan, VR et al. Determinanten des nasalen Mikrobioms: Pilotstudie zu den Auswirkungen der intranasalen Medikamenteneinnahme. Allergie Rhinol. 9, 215265671878951 (2018).

Artikel Google Scholar

Burnham, C.-AD et al. Durch die topische Dekolonisierung wird die Hautmikrobiota von Erwachsenen, die in Wohngemeinschaften leben oder im Krankenhaus behandelt werden, nicht zerstört. Antimikrob. Agenten Chemother. 60, 7303–7312 (2016).

Artikel CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

Price, A., Sarween, N., Gupta, I. & Baharani, J. Screening auf Meticillin-resistenten Staphylococcus aureus und Meticillin-empfindlichen Staphylococcus aureus in einer Kohorte von Hämodialysepatienten: Beförderung, Demografie und Ergebnisse. J. Hosp. Infizieren. 90, 22–27 (2015).

Artikel CAS PubMed Google Scholar

Pérez-Cobas, AE et al. Störung der Darmmikrobiota während einer Antibiotikatherapie: Ein multiomischer Ansatz. Gut 62, 1591–1601 (2013).

Artikel PubMed Google Scholar

Sum, S., Park, H.-M. & Oh, JY Hochgradige Mupirocinresistenz bei grampositiven Bakterien, die aus erkrankten Haustieren isoliert wurden. J. Tierarzt. Wissenschaft. 21(3), e40. https://doi.org/10.3396/ijic.V6i2.016.10 (2020).

Artikel PubMed PubMed Central Google Scholar

Sutcliffe, J. et al. Anfälligkeit von Cutibacterium Aknes gegenüber topischem Minocyclinschaum. Anaerobier 62, 102169 (2020).

Artikel CAS PubMed Google Scholar

Mody, L., Kauffman, CA, McNeil, SA, Galecki, AT & Bradley, SF Mupirocin-basierte Dekolonisierung von Staphylococcus aureus-Trägern bei Bewohnern von 2 Langzeitpflegeeinrichtungen: Eine randomisierte, doppelblinde, placebokontrollierte Studie. Klin. Infizieren. Dis. 37, 1467–1474 (2003).

Artikel PubMed Google Scholar

Miller, RR et al. Dynamik des Erwerbs und Verlusts des Transports von Staphylococcus aureus-Stämmen in der Gemeinschaft: Die Wirkung des klonalen Komplexes. J. Infizieren. 68, 426–439 (2014).

Artikel PubMed PubMed Central Google Scholar

Sakwinska, O. et al. Ökologische zeitliche Stabilität des Nasentransports von Staphylococcus aureus. J. Clin. Mikrobiol. 48, 2724–2728 (2010).

Artikel PubMed PubMed Central Google Scholar

Muthukrishnan, G. et al. Genetische Längsschnittanalysen der Nasentransportdynamik von Staphylococcus aureus in einer vielfältigen Population. BMC-Infektion. Dis. 13, 221 (2013).

Artikel PubMed PubMed Central Google Scholar

Stiftungsarbeitsgruppe Antibiotikapolitik und Nationales Institut für öffentliche Gesundheit und Umwelt (RIVM), CI (CIb). NETHMAP 2012. Verbrauch antimikrobieller Wirkstoffe und antimikrobielle Resistenz bei medizinisch wichtigen Bakterien in den Niederlanden. https://swab.nl/nl/nethmap (2012).

Roghmann, M.-C. et al. Wirkung von Mupirocin auf die Dekolonisierung von Staphylococcus aureus auf das Mikrobiom von Nase und Rachen bei Erwachsenen, die in Wohngemeinschaften und Pflegeheimen leben. PLoS One 16, e0252004 (2021).

Artikel CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

van Cleef, BA, van Rijen, M., Ferket, M. & Kluytmans, JA Selbstprobenentnahme eignet sich zum Nachweis von Staphylococcus aureus: Eine Validierungsstudie. Antimikrob. Widerstehen. Infizieren. Kontrolle 1, 34 (2012).

Artikel PubMed PubMed Central Google Scholar

Harrison, EM et al. Validierung selbst verabreichter Nasentupfer und Porto zur Isolierung von Staphylococcus aureus. J. Med. Mikrobiol. 65, 1434–1437 (2016).

Artikel PubMed PubMed Central Google Scholar

Nouwen, JL et al. Vorhersage des Status des nasalen Trägers von Staphylococcus aureus: Ableitung und Validierung einer „Kulturregel“. Klin. Infizieren. Dis. 39, 806–811 (2004).

Artikel PubMed Google Scholar

Aires-de-Sousa, M. et al. Hohe interlaboratorische Reproduzierbarkeit der DNA-sequenzbasierten Typisierung von Bakterien in einer multizentrischen Studie. J. Clin. Mikrobiol. 44, 619–621 (2006).

Artikel CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

Li, R. et al. Vergleich der DNA-, PMA- und RNA-basierten 16S-rRNA-Illumina-Sequenzierung zum Nachweis lebender Bakterien in Wasser. Wissenschaft. Rep. 7, 5752 (2017).

Artikel ADS PubMed PubMed Central Google Scholar

Kaplan, HB, Miranda, JA, Gogola, GR, Gomez, K. & Ambrose, CG Persistenz bakterieller DNA bei orthopädischen Infektionen. Diag. Mikrobiol. Infizieren. Dis. 91, 136–140 (2018).

Artikel CAS PubMed Google Scholar

Levy-Booth, DJ et al. Kreislauf extrazellulärer DNA in der Bodenumgebung. Bodenbiol. Biochem. 39, 2977–2991 (2007).

Artikel CAS Google Scholar

Fittipaldi, M., Nocker, A. & Codony, F. Fortschritte beim Verständnis des bevorzugten Nachweises lebender Zellen mithilfe von Lebensfähigkeitsfarbstoffen in Kombination mit DNA-Amplifikation. J. Mikrobiol. Methoden 91, 276–289 (2012).

Artikel CAS PubMed Google Scholar

Rognes, T., Flouri, T., Nichols, B., Quince, C. & Mahé, F. VSEARCH: Ein vielseitiges Open-Source-Tool für Metagenomik. PeerJ 4, e2584 (2016).

Artikel PubMed PubMed Central Google Scholar

Altschul, SF, Gish, W., Miller, W., Myers, EW & Lipman, DJ Einfaches Suchwerkzeug für die lokale Ausrichtung. J. Mol. Biol. 215, 403–410 (1990).

Artikel CAS PubMed Google Scholar

Camacho, C. et al. BLAST+: Architektur und Anwendungen. BMC Bioinform. 10, 421 (2009).

Artikel Google Scholar

R-Kernteam. R: Eine Sprache und Umgebung für statistische Berechnungen. (R Foundation for Statistical Computing, 2018). https://www.R-project.org/. Zugriff am 23. September 2022.

Wickham, H., François, R., Henry, L., Müller, K. dplyr: Eine Grammatik der Datenmanipulation. (2021). https://dplyr.tidyverse.org/. Zugriff am 23. September 2022.

Wickham, H. ggplot2: Elegante Grafiken für die Datenanalyse. (Springer, 2016). https://ggplot2.tidyverse.org/. Zugriff am 23. September 2022.

Oksanen, J. et al. vegan: Community Ecology Package (2020). https://cran.r-project.org/web/packages/vegan/index.html. Zugriff am 23. September 2022.

Dhariwal, A. et al. MicrobiomeAnalyst: Ein webbasiertes Tool zur umfassenden statistischen, visuellen und Metaanalyse von Mikrobiomdaten. Nukleinsäuren Res. 45, W180–W188 (2017).

Artikel CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

Chong, J., Liu, P., Zhou, G. & Xia, J. Verwendung von MicrobiomeAnalyst für umfassende statistische, funktionale und Metaanalysen von Mikrobiomdaten. Nat. Protokoll. 15, 799–821 (2020).

Artikel CAS PubMed Google Scholar

Referenzen herunterladen

Wir danken allen Teilnehmern für ihren Beitrag zu dieser Studie. Besonderer Dank geht an Willem van Wamel, Patricia Vellekoop und Willemien Zandijk für ihre Laborunterstützung sowie an Agnès Nguyen (Biofidal, Vaulx-en-Velin, Frankreich) für aufschlussreiche Diskussionen und Unterstützung hinsichtlich der in diesem Dokument verwendeten Metabarcoding-Strategie. Diese Arbeit war Teil des MACOTRA-Projekts, finanziert durch ZonMw Grant Nummer 547001006 und ANR Grant Nummer 16-JPEC-0006. Wir danken allen Mitgliedern der MACOTRA-Studiengruppe, die in den Zusatzinformationen aufgeführt sind.

Diese Autoren haben gleichermaßen beigetragen: Valérie O. Baede, Anaïs Barray, Margreet C. Vos und Jean-Philippe Rasigade.

Abteilung für medizinische Mikrobiologie und Infektionskrankheiten, Erasmus MC University Medical Center Rotterdam, Rotterdam, Niederlande

Valerie O. Baede, Mehri Tavakol und Margreet C. Vos

CIRI, Internationales Zentrum für Forschung in Infektiologie, Universität Lyon, Inserm U1111, Ecole Normale Supérieure de Lyon, Universität Lyon 1, CNRS, UMR5308, Lyon, Frankreich

Anaïs Barray, Gérard Lina und Jean-Philippe Rasigade

Nationales Referenzzentrum für Staphylokokken, Institut für Infektionserreger, Krankenhaus Croix Rousse, Hospices Civils de Lyon, Lyon, Frankreich

Anaïs Barray, Gérard Lina und Jean-Philippe Rasigade

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AB und VB haben das Originalmanuskript geschrieben. MV und JPR überprüften und redigierten das Manuskript. MV, GL, JPR konzipierten und überwachten das Projekt. VB und MT führten die Rekrutierung der Kohorte durch. AB, VB und MT entwickelten In-vitro-Methoden und generierten Daten und Zahlen. AB entwickelte Bioinformatik- und Biostatistik-Analyseprogramme für die Studie. AB, VB, MT und JPR führten statistische Analysen durch. Alle Autoren haben das Manuskript überprüft.

Korrespondenz mit Jean-Philippe Rasigade.

Die Autoren geben an, dass keine Interessenkonflikte bestehen.

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Nachdrucke und Genehmigungen

Baede, VO, Barray, A., Tavakol, M. et al. Störung und Erholung des nasalen Mikrobioms nach Mupirocin-Behandlung bei Trägern und Nichtträgern von Staphylococcus aureus. Sci Rep 12, 19738 (2022). https://doi.org/10.1038/s41598-022-21453-4

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Eingegangen: 07. Mai 2022

Angenommen: 27. September 2022

Veröffentlicht: 17. November 2022

DOI: https://doi.org/10.1038/s41598-022-21453-4

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